Ortnamnet omtalas första gången 1244, då som ”Viistatha”. 1285 skrivs namnet Ystath. Ett flertal tolkningar av namnet har framförts. Vissa har menat att ”Y”:et åsyftat orten ”Öja” och att platsen varit Öjas strandmark. En annan tolkning har varit att Y:et förväxlats med ”I” i betydelsen ”Isas stad”.